합동신학대학원대학교는 1980년 11월 11일 개교한 합동신학교의 설립이념을 이어받아, 개혁주의 신학에 근거한 바른 신학, 바른 교회, 바른 생활을 교육이념으로 하여, 교회가 필요로 하는 교역자와 지도자를 양성함을 설립목적으로 한다. 

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 바른 신학
“바른 신학”이란 칼빈주의 신학(혹은 개혁주의 신학)을 의미하며 성경의 객관적 권위를 인정하고 하나님의 주권(롬 11:36)을 높이는 신학을 의미한다.
 
 바른 교회
“바른 교회”는 하나님의 부르심을 받아 그리스도를 믿고 따르는 신자들의 공동체로, 예수 그리스도가 머리와 주인(엡 2:22)임을 인정하고 그 통치를 받는 교회를 의미한다.
 
 바른 생활
“바른 생활”이란 신앙과 윤리가 일치한 생활을 의미한다. 우리 자신을 부인하며(마 16:24) 한국교회가 상실한 내적인 성결과 겸손으로 주님의 삶을 닮아 가는 생활을 의미한다.
 
“바른 신학ㆍ바른 교회ㆍ바른 생활” 등 3대 개혁이념의 구현을 통하여, 개혁주의 신학을 재확인하고, 그리스도만을 주인으로 섬기는 교회를 세우며, 신앙과 윤리가 일치하는 경건 생활을 정착시키는 일이 합동신학대학원대학교의 설립이념이다